总是满脸笑容的神秘教师VS对他怀有杀意的高IQ学生们……壮烈的战斗开幕了！！《消除老师的方程式》的舞台在东大升学率极高的东京都内升学校“帝千学园”。其中三年D班集中了成绩优秀的学生。但是，成为三年D班班主任的教师全都在短时间内精神受创，进而辞职……实际上，这个班上聚集了一群将大人逼入绝境、以看他们崩溃为乐的学生！以接近完美犯罪的形式，不必弄脏自己的手就能毁掉班主任。而田中所扮演的新班主任·义泽经男来到了这个充满黑暗的高分班级。总是满脸笑容的义泽，就算听到学生带着恶意的发言或者提问也总是面带笑容地回答，甚至遭受学生的物理攻击而受伤之后，不知为何依然是笑眯眯的。然后，不知为何非常熟悉学生们的隐私信息的义泽……面带“笑容”去指导学生。另一方面，学生们的行动越发激化，甚至制定计划要杀掉义泽——义泽为什么会出现在这所学校呢！？义泽到底能面带笑容忍受学生设下的陷阱到什么时候呢！？在学校这个封闭的空间里，教师和学生展开了战斗。