幽灵军团的黄泉（中村秀利暂无内容配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三暂无内容配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩暂无内容配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子暂无内容配音）、小樱（中村千绘暂无内容配音）、宁次（遠近孝一暂无内容配音）和小李（増川洋一暂无内容配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……